대법 “국세청 6년간 종부세 더 물려” 첫 판결… 소송 잇따를 전망

국세청이 2009년 이후 거둬들인 종합부동산세 가운데 일부가 이중과세에 해당한다는 취지의 대법원 판결이 나왔다.

이에 따라 국세청을 대상으로 한 추가 소송 등이 예상돼 파문이 일 전망이다.

12일 대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 KT와 한국전력, 신세계, 국민은행 등 25개 기업이 각 담당 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 부과처분 취소청구 소송에서 원고 패소로 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 밝혔다.

이번 소송은 국세청이 2008년 말 개정된 종부세법과 시행규칙에 따라 2009년 부과분부터 이들 기업들에 종부세를 물려온 것에 대해 기업들이 이중과세라며 제기한 것이다.

이 소송에 대해 1심은 이중과세라는 기업 측의 주장을 받아들여 원고 승소로 판결했지만, 항소심은 이중과세의 위험이 없다며 원고 패소로 판결을 뒤집었다.

하지만 대법원은 종부세법 기본취지가 이중과세를 피하고자 세액 계산 때 재산세를 공제하도록 한 것이라며, 국세청이 마련한 시행규칙에 따른 세액산정이 적법하다고 본 원심은 법리를 오해한 위법이 있다고 판단했다. 판결 취지대로라면 소송을 낸 25개 기업은 파기환송심을 통해 더 낸 세금 180억여원을 돌려받을 수 있게 된다.

국세청은 2008년 말 개정된 종부세법과 시행규칙에 따라 2009년 부과분부터 세금을 계산해왔다. 종부세 과세기준을 넘어선 금액에 공정시장가액비율(현행 80%)을 곱한 금액을 기준으로 재산세 공제액을 계산하는 방식이다. 하지만, 국민은행 등 25개 기업은 이런 식으로 세금을 부과하면 이중과세가 된다며 소송을 냈다.

대법원은 1심과 마찬가지로 국세청의 이런 계산법에 따르면 재산세 중 일부가 공제되지 않아 세금이 초과 징수된다고 판단했다.

공정시장가액비율을 곱한 금액이 아닌 종부세 과세기준을 넘어선 금액 그대로를 기준으로 재산세 공제액을 계산해야 한다는 취지다.

한편, 2009년 이후 국세청이 기업과 일반 부동산 보유자에게서 더 거둬들인 세금은 수천억 원에 달할 것으로 보인다. 2009년도 종부세 납세액만 9천600억원이 넘지만, 현행법에 따르면 납세자 모두가 환급받을 수는 없어 형평성 논란이 불가피할 전망이다.

종부세 납부방법은 직접 신고해서 납부하는 방식과 납세고지서대로 내는 부과고지 방식으로 나뉘는데, 부과고지로 낸 경우 고지서를 받고 나서 90일 이내에 이의제기해야지만 환급을 요구할 수 있다.

다만, 신고방식으로 낸 경우 국세기본법 등에 따라 납부한 지 3년이 지나지 않았다면 경정청구나 소송을 낼 수 있어 추가 소송도 이어질 것으로 예상된다.

김규태기자